Mục đích của các Trung tâm Đại học Pháp là thống nhất các quan hệ hợp tác song phương Pháp-Việt trong giảng dạy đại học thành một mô hình mới góp phần thúc đẩy phát triển hệ thống giáo dục đại học của Việt Nam. Nói cách khác, các Trung tâm Đại học Pháp được xem như "cơ sở thí điểm" nhằm phát triển hệ thống đại học Việt Nam theo tiêu chuẩn quốc tế về giảng dạy đại học và theo mô hình quản lý đại học mới.
Mục tiêu cụ thể :
- Xây dựng và phát triển các chương trình đào tạo theo tiêu chuẩn quốc tế.
- Phát triển mô hình hoạt động hỗ trợ các trường đại học Việt Nam trong tiến trình phát triển.
- Thúc đẩy sự gắn kết giữa đào tạo với nghiên cứu, nghiên cứu cơ bản cũng như nghiên cứu ứng dụng.
Dự án cũng có khuynh hướng sáp nhập các quan hệ hợp tác song phương hiện có giữa các trường đại học khác của Việt Nam và Pháp.